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推拿可调整大脑皮层的兴奋与抑制过程。不同的推拿手法对神经系统所起的作用也不同，如在头部施以有节律性的轻柔手法，有较好的镇静作用，能解除大脑的紧张、疲劳状态。

一般来说，缓慢轻柔、刺激性弱的手法，对神经系统镇静抑制作用明显，而快速沉重。刺激性强的手法，则对神经系统兴奋的作用突出。如摩法、推法等一般起镇静作用；叩击类手法一般起兴奋作用。

推拿对自主神经也有很大的影响，从而使内脏、血管、腺体的活动功能改善。如推拿颈部，可调节大脑及上肢的血液循环；推拿背腰臀部，能调节胸腹腔、盆腔器官的功能活动。